免疫组测序分析和应用专题(二)

上一期专题介绍了艾沐蒽ImmuHub®基础分析及在基础分析报告中提供的三种深度分析,今天专题主要介绍两种深度分析:V-J基因片段组合表达的3D森林图V/J基因片段表达频率的2D图

V-J基因片段组合表达的3D森林图

对各样本中鉴定到的V和J基因片段组合进行频率计算,并绘制3D森林图。3D森林图直观地体现T细胞受体(TCR)/B细胞受体(BCR)的克隆性和多样性。每根竖条代表了每种V基因片段和J基因片段重组频率,竖条越多,表示T细胞/B细胞的V-J组合种类越多,竖条越长,表示这种组合的频率越高

图1

如图2所示,在艾沐蒽 Immun-Cheq®| T细胞免疫测评中,3D森林图被直观地用来显示受检者T细胞受体(TCR)的多样性。V-J组合种类越多,表示T细胞多样性越高,越有能力抵御疾病。V-J组合频率越高,表示与T细胞的克隆性增殖相关。在这个图中可以明显看到疾病患者和健康人的区别,疾病患者出现明显的克隆性增殖。

X轴:V基因;Y轴:J基因;Z轴:T细胞克隆频率

图2

V/J基因片段表达频率的2D图

对各样本中鉴定到的V 或J基因片段进行频率计算,绘制V/J基因表达的2D图。X轴为V/J基因片段,Y轴为频率

图3

TCR被用于宫颈癌患者免疫检测和预后评估。该项研究选取了25位宫颈癌(CC)患者,30位宫颈上皮内瘤变(CIN)患者和20位健康女性,获得外周血样品的TCR库。在65种V基因的使用中,有8种在三组之间存在显著差异,对这8种基因进行分析,如图6所示,除了V5.8和V20.1外,健康女性中其余六个V基因的使用频率显著高于CC和CIN患者,且CC和CIN患者之间无显著差异。

图4

参考文献:

Cui JH, Lin KR, Yuan SH, Jin YB, Chen XP, Su XK, Jiang J, Pan YM, Mao SL, Mao XF, Luo W. TCR Repertoire as a Novel Indicator for Immune Monitoring and Prognosis Assessment of Patients With Cervical Cancer. Front Immunol. 2018 Nov 22;9:2729. doi: 10.3389/fimmu.2018.02729. PMID: 30524447; PMCID: PMC6262070.  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30524447/
在艾沐蒽助力李兰院士团队在The Journal of Gene Medicine 杂志发表题为“ProfilingT cell receptor β-chain in responders after immunization with recombinant hepatitis B vaccine”的研究论文中,将6个乙肝疫苗接种后阳性应答者免疫组T细胞受体库(VPR组),和5个接种阴性应答者免疫组T细胞受体库(VNR组)建立比较组。对于TRBV家族,在VPR组和VNR组之间进行比较,有2个TRBV(BV15,BV27)具有显著性差异(图5A)。同样,两组之间有2个TRBJ(BJ1-4,BJ2-3)存在显著差异(图5B)。

图5

参考文献:

Yan D, Yang J, Ji Z, Wang J, Lu X, Huang Y, Zhong C, Li L. Profiling T cell receptor β-chain in responders after immunization with recombinant hepatitis B vaccine. J Gene Med. 2021 Sep;23(9):e3367. doi: 10.1002/jgm.3367. Epub 2021 Jun 17. PMID: 34048625.

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