艾沐蒽免疫组库测序科研服务提供多项深度分析。为满足不同客户需求，同一分析也提供不同图示以供选择。今天主要介绍两个（或多个）样本共享克隆统计分级。
对两个样本的共享克隆和独有克隆做频率变化点状比较图，横、纵坐标代表两个样本克隆频率的 log 值，频率越大越接近 0。每一个红 Dot 表示一个相同的克隆，红 Dots 越多表示 sharing 的克隆种类数量就越多。红色曲线表示共有克隆的丰度，蓝色和绿色曲线表示独有克隆的丰度。
图1
对两个样本的共享克隆做频率变化点状比较图，横、纵坐标代表两个样本克隆频率的 log 值，频率越大越接近 0。每一个 Dot 表示一个相同的克隆，Dots 越多表示sharing 的克隆种类数量就越多。
图2
对2个样本之间的共享克隆 top20 频率进行追踪，纵坐标表示克隆频率，横坐标两边分别为2个样本，每个颜色色块表示一种克隆，其克隆频率大小以色块最高点来计。黑色部分表示其它未展示出的共享克隆（低频）频率总和，浅灰色部分表示没有共享的克隆频率总和。
图3
比较多组或多个样本中的克隆的共有的情况，交集部分为共享的克隆种类，各个部分的数值为所含的克隆种类数(或百分比）。该图适宜5个以下样本进行分析。
图4
通过多维venn图， 能够展示出各样本及样本间克隆种类（clonotype）的情况，图的左侧水平柱状图（红色） 表示各样本克隆种类数；上方垂直柱状图（黑色） ，点表示该样本特有克隆种类数（private clonotype） ，连线表示样本间共享了多少种克隆种类(public clonotype)。该图适宜5个以上样本进行分析。
图5
在艾沐蒽联合浙江大学医学院附属第一医院在Frontiers in Microbiology（IF：5.64）杂志发表的题为”The Relationship Between Convergent IGH Signatures and Severity of COVID-19 Patients by Next-Generation Sequencing of B-Cell Repertoire”研究论文中，分析了患者单例之外的所有克隆的氨基酸序列：三个患者组共有137个共享克隆型。此外，重症组和危重症组的患者比轻度组共享更多的克隆（图6A）。
图6.公共 IGH 克隆。SARS-CoV-2 感染患者中的公共 IGH 克隆。(A)轻度 ( n = 6)、重度 ( n = 9) 和危重 ( n = 10) 患者之间的克隆重叠。(B)三个常见基序的多个 EM 基序诱导 (MEME) 基序：ARDYGG、RWYFDY 和 YYYYGMDV。每个字母的高度与该位置的相应氨基酸出现频率成正比。
此外，经研究发现所有 SARS-CoV-2 患者的137个克隆型中高度保守的三个motif序列——ARDYGG（131/137共享）、RWYFDY（43/137 共享）和 YYYYGMDV（31/137 共享）（图6B），每个字母的高度与该位置的相应氨基酸出现频率成正比。这三个共同的公共motif序列可能与 SARS-CoV-2 抗原有关。
参考文献：
Cai H, Hu J, Huang L, Gao C, Xu M, Gao Y, Sun T, Fang X. The Relationship Between Convergent IGH Signatures and Severity of COVID-19 Patients by Next-Generation Sequencing of B-Cell Repertoire. Front Microbiol. 2022 Feb 9;12:833054. doi: 10.3389/fmicb.2021.833054. PMID: 35222317; PMCID: PMC8865457.
一项对于一名接受了PepCan HPV治疗性疫苗I期临床研究的女性患者的研究中，对疫苗接种前和4次接种后PBMC、LBC和FFPE样本做了共享克隆分析（图7B）。结果显示大多数克隆型仅出现在一种样本类型中，但在疫苗接种前PBMC、LBC和FFPE中存在17种克隆型，而在4次接种后存在72种克隆型。
参考文献：
Shibata T, Shah S, Evans T, Coleman H, Lieblong BJ, Spencer HJ, Quick CM, Sasagawa T, Stephens OW, Peterson E, Johann D Jr, Lu YC, Nakagawa M. Expansion of Human Papillomavirus-Specific T Cells in Periphery and Cervix in a Therapeutic Vaccine Recipient Whose Cervical High-Grade Squamous Intraepithelial Lesion Regressed. Front Immunol. 2021 Sep 30;12:645299. doi: 10.3389/fimmu.2021.645299. PMID: 34659195; PMCID: PMC8515132.
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原文始发于微信公众号（艾沐蒽生物科技）：免疫组测序分析和应用专题（三）
